Dooku savait définitivement que Palpatine était Sidious.
Il l'a déclaré à Obi-Wan lors de son interrogatoire à Geonosis.
OBI-WAN: La vérité?
COUNT DOOKU: La vérité. Et si je vous disais que la République était désormais sous le contrôle des Seigneurs Noirs des Sith?
OBI-WAN: Non, ce n'est pas possible. Les Jedi en seraient conscients.
COUNT DOOKU: Le côté obscur de la Force a obscurci leur vision, mon ami. Des centaines de sénateurs sont maintenant sous l'influence d'un seigneur Sith appelé Dark Sidious .
Ceci est confirmé directement dans la romanisation La Revanche des Sith (ROTS) par Matthew Stover, quand il montre clairement (comme une surprise à un lecteur) que le maître de Dooku, Dark Sidious, n'est autre que le chancelier suprême de la République, Palpatine:
(à la fin de long conversation entre Dooku et Palpatine sur le sort imminent de Kenobi et Skywalker alors qu'ils progressent à travers le navire de Grevious pour sauver le chancelier):
Dooku se redressa et pour la première fois regarda son maître dans les yeux.
Dark Sidious , Seigneur des Ténèbres des Sith, s'assit dans le fauteuil du général, enchaîné au poignet et à la cheville.
Dooku se prosterna devant lui. "Merci, Chancelier."
Palpatine de Naboo, Chancelier suprême de la République, a répondu: "Retirez-vous. Ils sont là."
La raison pour laquelle Dooku ne l'a pas révélé quand Skywalker l'a combattu parce que Sidious a promis qu'il survivrait (duh!). Le plan de haut niveau (qui lui a été dit par Sidious) serait que lui, Dooku, serait «capturé» par Skywalker, puis «découvrirait» la véritable étendue des crimes de la Confédération ... et en serait clairement séparé lorsque Palpatine écrase CIS.
"Ce sera," dit-il lentement, méditativement, comme s'il ne parlait qu'à lui-même, "un embarras d'être capturé par lui." [discutant d'Anakin]
...
"C'est ... fatigant de jouer le méchant pendant si longtemps, Maître. Je me réjouis d'une honorable captivité." (src: même novelization ROTS ... cette déclaration a été suivie par l'exposition de ce qu'étaient les plans post-capture).
et plus tard:
Pour la première fois depuis que Sidious avait révélé la vraie subtilité de ce chef-d'œuvre, Dooku s'est permis de se détendre suffisamment pour imaginer le résultat.
Avec sa capture héroïque du comte Dooku , Anakin Skywalker deviendra le héros ultime : le plus grand héros de l'histoire de la République, peut-être de l'Ordre Jedi lui-même.
Après que Sidious ait ordonné à Anakin de le tuer, Dooku était trop choqué par la trahison et épuisé par le combat pour rien dire à Anakin (et personne d'autre n'était là pour l'entendre - Obi-Wan était inconscient à l'époque).
Le livre explique la réalisation, le choc et la surprise de Dooku, ainsi que ses pensées, mais il fait environ 2 pages, donc je ne citerai pas.