L'espèce 8472 représentait une menace bien plus grande que le Borg.
Alors que les Borg avaient un net avantage tactique sur la Fédération (et tous les autres pouvoirs Alpha / Beta), il était toujours possible pour les vaisseaux de la Fédération de résister aux armes Borg pendant une période limitée et potentiellement de riposter. La bataille du secteur 001 en est un bon exemple: oui, les navires de la Fédération étaient détruits à gauche et à droite, mais nous voyons des navires rester en vie assez longtemps pour tirer sur le cube et infliger des dégâts. L'espèce 8472 Bioships peut détruire les cubes Borg en un seul coup, et avec quelques vaisseaux supplémentaires, ils peuvent faire de même pour des planètes entières - une destruction à une échelle jamais vue depuis le Borg. Bien que je sois sûr que les Borgs pourraient détruire des planètes s’ils y mettaient leur esprit collectif, la supériorité de la puissance de feu de l’espèce 8472 était douloureusement évidente dès les dix premières secondes de Scorpion Partie 1.
Indépendamment des capacités destructrices de l'une ou l'autre race, les espèces 8472 et les Borg avaient des approches fondamentalement différentes de la conquête galactique. Mis à part l'incursion occasionnelle d'un cube dans le quadrant Alpha, les Borg sont restés principalement dans le quadrant Delta et ne représentaient que très peu de menace immédiate pour la Fédération. De plus, comme ils voulaient assimiler tous les êtres qu'ils rencontraient, il était dans leur intérêt de ne pas entreprendre d'actions qui détruiraient carrément les habitants de la Fédération (comme faire exploser la terre). L'espèce 8472, en revanche, n'avait ni désir ni besoin de maintenir en vie aucune des espèces de la galaxie. En effet, comme ils étaient la seule vie intelligente de l'Espace Fluidique, il est présumé qu'ils ont déjà terminé tout le monde dans leur dimension d'origine, en supposant que d'autres espèces aient jamais évolué en premier lieu.
Pourquoi les espèces 8472 étaient si agressives n'est jamais établie à l'écran, mais je crois que nous pouvons déduire quelques indices quant à leur motivation à partir du peu de communication avec eux. Leur objectif d'éliminer les Borgs est parfaitement compréhensible; les Borg les ont attaqués et l'espèce 8472 a riposté. Cependant, cela n'explique pas leur agression envers le reste de la galaxie.
Bien que Janeway n'ait jamais communiqué directement avec l'espèce 8472, Kes a eu un contact psychique avec eux qui a fermement établi leurs intentions meurtrières. Je crois que leur mot exact était "Le faible périra" (citation complète dans la réponse d'Izkata) et "Votre galaxie sera purgée". Cela implique une doctrine de «survie du plus apte» profondément ancrée dans leur culture; ils considéraient probablement la vie de notre galaxie comme inférieure et jugeaient qu'elle méritait de s'éteindre.
Vous avez donc le choix de permettre aux Borgs de se reposer dans le quadrant Delta comme ils l'ont fait pendant des siècles ou d'autoriser un nouveau, course très malveillante pour croiser à travers la galaxie détruisant toute vie qu'elle rencontre. À mon avis, le choix de Janeway était clairement correct.