Neo n'a pas eu besoin de combattre les agents après avoir été convaincu qu'il était le bon. Avant de rencontrer l'Architecte, il pensait que le but de l'Un était essentiellement d'utiliser ses capacités pour aider les rebelles de Sion à «libérer» plus d'humains de la Matrice et finalement à la détruire. (Aider ses camarades rebelles de Sion est la raison pour laquelle il a combattu les agents améliorés au début de La matrice rechargée - il les aidait à échapper à la matrice après la réunion de crise en retardant le Agents.) Après sa rencontre avec l'architecte, il s'est rendu compte que
L'un n'était jamais censé mettre fin à quoi que ce soit ... c'était un autre système de contrôle.
transcription de The Matrix Reloaded
Avec l'aide d'Oracle, Neo est venu pour se rendre compte qu'il avait besoin de vaincre Smith d'une manière ou d'une autre pour mettre fin à la guerre et sauver l'humanité:
Oracle: Tout ce qui a un début a une fin. Je vois la fin venir. Je vois les ténèbres se répandre. Je vois la mort. Et vous êtes tout ce qui se trouve sur son chemin.
Neo: Smith.
Oracle: acquiesce Très bientôt, il va avoir le pouvoir de détruire ce monde , mais je crois qu'il ne s'arrêtera pas là; il ne peut pas. Il ne s'arrêtera pas tant qu'il ne restera plus rien du tout.
Neo: Qu'est-ce qu'il est?
Oracle: C'est toi. Votre opposé, votre négatif, le résultat de l'équation essayant de s'équilibrer.
Neo: Et si je ne peux pas l'arrêter?
Oracle: D'une manière ou d'une autre, Neo , cette guerre va prendre fin. Ce soir, l'avenir des deux mondes sera entre vos mains… ou entre les siennes.
transcription de The Matrix Revolutions
Il est clair que Neo a dû se battre et vaincre Smith pour mettre fin à la guerre et sauver l'humanité à la fois dans la matrice et dans le monde réel (Neo a dû combattre physiquement Bane-Smith dans le réel monde pour sauver son corps physique). Avec cette prise de conscience, Neo a conclu un accord avec Deus Ex Machina dans lequel les machines honoreraient une trêve avec Zion si Neo réussissait à vaincre Smith (qui menaçait non seulement les humains mais aussi les machines):
Neo: Le programme Smith s'est développé au-delà de votre contrôle. Bientôt, il se répandra dans cette ville, alors qu'il se propageait dans la matrice. Vous ne pouvez pas l'arrêter. Mais je peux.
Deus Ex Machina: Nous n'avons pas besoin de vous! Nous n'avons besoin de rien!
Neo: Si c'est vrai, alors j'ai fait une erreur et tu devrais me tuer maintenant.
Deus Ex Machina: Que veux-tu?
Neo: Peace.
transcription de The Matrix Revolutions
Neo a réussi à détruire Smith en se sacrifiant, ce qui signifie en quelque sorte qu'il n'a pas eu à combattre physiquement Smith à la fin - il n'a eu qu'à faire le choix de combattre Smith avec sa volonté.